Vízgazdálkodási Igazgatóság szervezeti felépítése:
Felsziní vizek szakágazat
• Országos Vízjelző Szolgálat
- Vízjelzés és előrejelzés csoport
- K+F csoport
• Árvízkockázati és hidrológiai osztály
- Árvízkockázati csoport
- Árvízhidrológiai csoport
Medermorfológiai és viziút nyilvántartási szakágazat
• Felmérési osztály
• Térinformatikai osztály
Felszín alatti vizek szakágazat
• Kútdokumentáló osztály
• Alkalmazott térinformatikai csoport
• Alkalmazott vízföldtani csoport
• Felszín alatti vízrajzi csoport
Hidrológiai koordinációs és állapotértékelési szakágazat
• Vízrajzi koordinációs osztály
- Központi vízrajzi adattár
- Dokumentum- és szakirodalomtár
• Hidrológiai állapotértékelési osztály
• Vízgyüjtő feltárási osztály
Hidraulikai szakágazat
• Kisérleti hidraulikai osztály
• Mérnöki szolgáltatások osztálya
- Talajmechanikai és műanyagvizsgáló laboratórium
• Méréstechnikai osztály
Vízgazdálkodási Igazgatóság 
