Vezetője: dr. Bakonyi Péter intézetvezető

Felszíni Vizek Osztálya:
vezetője: dr. Bálint Gábor osztályvezető

Felszín alatti Vizek Osztálya:
vezetője: Maginecz János osztályvezető

Hidrológiai Koordinációs és Állapotértékelési Osztály:
vezetője: dr. Varga György osztályvezető

Országos Vízjelző Szolgálat:
vezetője: Csík András osztályvezető